Gottfried Honnefelder studierte Literaturwissenschaft und Philosophie in Bonn, London und München. 1973 promovierte er an der Universität Bonn bei Benno von Wiese zum Dr. phil. 1974 trat er in den Suhrkamp Verlag ein, war dort für 23 Jahre tätig, seit 1979 als Geschäftsführer der Verlagsgruppe. 1985 erschienen die ersten Bände des von ihm mitgegründeten Deutschen Klassiker Verlags, dessen Mitgesellschafter er noch heute ist. Nach neun Jahren als alleingeschäftsführender Gesellschafter des DuMont Buchverlags übernahm er im April 2006 den Verlag Berlin University Press GmbH. Seit 1996 ist er Mitglied des Stiftungsrates für den Friedenspreis des Deutschen Buchhandels, seit 2001 stellvertretender Vorsteher des Börsenvereins und seit Januar 2006 Vorsteher. Seit 2004 ist er Vorstandsvorsitzender des Literaturhauses Köln e.V.